對庫區基礎采取成型一塊，檢查一塊，形成記錄。在庫區底部常含有一些堅硬物質，在檢查過程中如發現鋼筋等雜物，盡量將鋼筋拔除，如果埋設較深拔除有困難，則在根部開挖 20 ～ 30 cm，然后貼根部剪斷，再用土方回填，采用人工夯實 ；在檢查中如有建筑垃圾等堅硬的石塊，須將這類物質清除，然后采用黏土回填。這些物質如不及時清除，在壓力的作用下，極易戳穿防滲系統而產生滲漏。
碎石應采用正確的方法運送和鋪設。為加快運送時間，采用溜槽的方式運送到庫底，如果直接溜到防滲系統上，先在防滲系統上做好保護層。溜槽的位置選在庫區一側，以便碎石從一邊一次性施工到另一邊，避免出現反復來回。
在滲瀝液管道或其他設施上施工，應在碎石鋪設期間做好保護，以免受機械損壞。如果確認有可能產生破壞，在管道和設施周圍采用人工鋪設碎石，以免對滲瀝液管道和其他設施造成破壞。
嚴禁在土工膜上直接使用各種車輛。車輛輪胎與土工膜之間的碎石厚度要≥1m；在交通繁重的區域，像斜坡入口，碎石的厚度至少要有1.5m。履帶車輛和土工膜之間滿足以下的地面壓力限值。